Resumen
Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions, finding major pathways contributing to risk, with some loci shared across immune disorders. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10-8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34 + stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.
| Idioma original | Inglés |
|---|---|
| Páginas (desde-hasta) | 381-386 |
| Número de páginas | 6 |
| Publicación | Nature Genetics |
| Volumen | 47 |
| N.º | 4 |
| DOI | |
| Estado | Publicada - 28 abr 2015 |
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En: Nature Genetics, Vol. 47, N.º 4, 28.04.2015, p. 381-386.
Producción científica: Artículo en revista indizada › Artículo › revisión exhaustiva
TY - JOUR
T1 - Fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci and evidence for colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers
AU - Onengut-Gumuscu, Suna
AU - Chen, Wei Min
AU - Burren, Oliver
AU - Cooper, Nick J.
AU - Quinlan, Aaron R.
AU - Mychaleckyj, Josyf C.
AU - Farber, Emily
AU - Bonnie, Jessica K.
AU - Szpak, Michal
AU - Schofield, Ellen
AU - Achuthan, Premanand
AU - Guo, Hui
AU - Fortune, Mary D.
AU - Stevens, Helen
AU - Walker, Neil M.
AU - Ward, Lucas D.
AU - Kundaje, Anshul
AU - Kellis, Manolis
AU - Daly, Mark J.
AU - Barrett, Jeffrey C.
AU - Cooper, Jason D.
AU - Deloukas, Panos
AU - Todd, John A.
AU - Wallace, Chris
AU - Concannon, Patrick
AU - Rich, Stephen S.
AU - Baskerville, Tracey
AU - Bautista, Nines
AU - Bhatia, Eesh
AU - Bhatia, Vijayalakshmi
AU - Hasan, Kamaruzaman Bin
AU - Bonnici, Francois
AU - Brodnicki, Thomas
AU - Browning, Brian
AU - Cameron, Fergus
AU - Chaichanwatanakul, Katharee
AU - Cheung, Pik To
AU - Colman, Peter
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AU - Couper, Jenny
AU - Crock, Patricia
AU - Cutfield, Ric
AU - Davis, Tim
AU - Dixon, Paul
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AU - Greer, Ristan
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AU - Li, Xiaoying
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AU - Mehra, Narinder
AU - Merriman, Tony
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AU - Moses, Robert
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AU - Shen, Shuixian
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AU - Weerakulwattana, Praewvarin
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AU - Urbanavicius, Vaidotas
AU - der Auwera, Bart Van
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AU - Velickiene, Dzilda
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AU - Walter, Markus
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AU - Ziegler, Anette
AU - Agleham, Matthew
AU - Aldrich, Alan
AU - Alemzadeh, Ramin
AU - Alper, Chester
AU - Aly, Theresa
AU - Anastassiou, Dimitris
AU - Arora, Shaily
AU - Austin, Audrey
AU - Becker, Dorothy
AU - Benoist, Christophe
AU - Berka, Noureddine
AU - Bhatia, Suruchi
AU - Bonella, Persia
AU - Bottini, Nunzio
AU - Boyle, Sean
AU - Braden, Jeanah
AU - Brady, Barry
AU - Brickman, Wendy
AU - Christensen, Richard
AU - Couch, Robert
AU - Counts, Debra
AU - Crandall, Jill
AU - Daniels, Mark
AU - Dolan, Larry
AU - Donaldson, David
AU - Doria, Alessandro
AU - Eisenbarth, George
AU - Elder, James
AU - El-Hajj, Rita
AU - Erlich, Henry
AU - Fain, Pamela
AU - Fear, Anna Lisa
AU - Ferry, Robert
AU - Fiallo-Scharer, Rosanna
AU - Geraghty, Daniel
AU - Ghosh, Soumitra
AU - Gitelman, Steven
AU - Godwin, Michelle
AU - Goland, Robin
AU - Goodman, Nathan
AU - Goodwin, Greg
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AU - McIndoe, Richard
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AU - Miao, Dongmei
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AU - Moonsamy, Priscilla
AU - Moore, Wayne
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AU - Orlowski, Craig
AU - Paterson, Andrew
AU - Pietropaolo, Massimo
AU - Pihoker, Catherine
AU - Polychronakos, Constantin
AU - Post, Jeff
AU - Postellon, Daniel
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AU - Quattrin, Teresa
AU - Rappaport, Mark
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AU - Risbeck, Heather
AU - Rodriguez, Henry
AU - Rodriguez, Luisa
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AU - Rubalcava, Leticia
AU - Russell, Bill
AU - Schatz, Desmond
AU - Scott, Carla
AU - She, Jin Xiong
AU - Shilling, Heather
AU - Shulman, Dorothy
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AU - Starkman, Harold
AU - Steck, Andrea
AU - Stender, Sarah
AU - Stratton, Lorraine
AU - Sur, Daniel
AU - Taback, Shayne
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AU - Trymbiski, Patricia
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AU - Wahlen, Jack
AU - Wang, Xujing
AU - Weber, Sandra
AU - Wherrett, Diane
AU - Willi, Steven
AU - Wilson, Darrell
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AU - Young, Neal
AU - Yu, Liping
AU - Zhao, Lue Ping
AU - Zimmerman, Donald
AU - Adlem, Ellen
AU - Allen, James
AU - Brown, Judy
AU - Clarke, Pamela
AU - Clayton, David
AU - Coleman, Gillian
AU - Cucca, Francesco
AU - Davison, Lucy
AU - Downes, Kate
AU - Duley, Simon
AU - Dunger, David
AU - Esposito, Laura
AU - Everett, Vin
AU - Field, Sarah
AU - Hafler, Jason
AU - Hardy, Matthew
AU - Harrison, Deborah
AU - Harrison, Inge
AU - Hawkins, Steve
AU - Healy, Barry
AU - Hood, Simon
AU - Howell, Simon
AU - Howson, Joanna
AU - Maisuria, Meeta
AU - Meadows, William
AU - Mistry, Trupti
AU - Nezhenstsev, Sergey
AU - Nutland, Sarah
AU - Ovington, Nigel
AU - Plagnol, Vincent
AU - Rainbow, Dan
AU - Rainbow, Kara
AU - Raj, Srilakshmi
AU - Schuilenburg, Helen
AU - Simpson, Anna
AU - Smink, Luc
AU - Smyth, Debbie
AU - Taylor, Niall
AU - Tuomilehto, Jaakko
AU - Wicker, Linda
AU - Widmer, Barry
AU - Wilson, Mark
AU - Withers, Heather
AU - Yang, Jennie
AU - Brown, Mark
AU - Crews, Arnetta
AU - Griffin, Jason
AU - Hall, Mark
AU - Harnish, Teresa
AU - Hepler, John
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AU - Lohman, Kurt
AU - Lu, Lingyi
AU - Nail, Jay
AU - Perdue, Letitia
AU - Pierce, June
AU - Reboussin, David
AU - Rushing, Scott
AU - Sale, Michele
AU - Sides, Elizabeth
AU - Snively, Beverly
AU - Teuschler, Hoa
AU - Theil, Goodrich
AU - Wagenknecht, Lynne
AU - Williams, Dustin
AU - Akolkar, Beena
AU - McKeon, Catherine
AU - Nierras, Concepcion
AU - Thomson, Elizabeth
AU - Altshuler, David
AU - Au, Kinman
AU - Bain, Steve
AU - Barcellos, Lisa
AU - Barral, Sandra
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AU - Bronson, Paola
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AU - Field, Leigh
AU - Gabriel, Stacey
AU - Garge, Nikhil
AU - Gaudieri, Silvana
AU - Goldstein, Ben
AU - Gorodezky, Clara
AU - Hamon, Sara
AU - He, Chungsheng
AU - Humphreys, Keith
AU - James, Ian
AU - Lathrop, Mark
AU - Lie, Benedicte Alexandra
AU - Li, Dawei
AU - Mack, Steven
AU - McGinnis, Ralph
AU - McKinnon, Elizabeth
AU - McLaren, William
AU - Nolan, David
AU - Olsson, Marita
AU - Ott, Jurg
AU - Owerbach, David
AU - Patterson, Chris
AU - Podolsky, Robert
AU - Ramsay, Patricia
AU - Rangantah, Venkatesh
AU - Risch, Neil
AU - Ronningen, Kjersti Skjold
AU - Shao, Xiarong
AU - Single, Richard
AU - Steffes, Michael
AU - Thomson, Glenys
AU - Valdes, Ana Maria
AU - Vandiedonck, Claire
AU - Whittaker, Pam
AU - Zhang, Qingrun
N1 - Funding Information: This research uses resources provided by the Type 1 Diabetes Genetics Consortium, a collaborative clinical study sponsored by the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIDDK), the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), the National Human Genome Research Institute (NHGRI), the National Institute of Child Health and Human Development (NICHD) and JDRF and supported by grant U01 DK062418 from the US National Institutes of Health. Further support was provided by grants from the NIDDK (DK046635 and DK085678) to P.C. and by a joint JDRF and Wellcome Trust grant (WT061858/09115) to the Diabetes and Inflammation Laboratory at Cambridge University, which also received support from the NIHR Cambridge Biomedical Research Centre. ImmunoBase receives support from Eli Lilly and Company. C.W. and H.G. are funded by the Wellcome Trust (089989). The Cambridge Institute for Medical Research (CIMR) is in receipt of a Wellcome Trust Strategic Award (100140). Publisher Copyright: © 2015 Nature America, Inc. All rights reserved.
PY - 2015/4/28
Y1 - 2015/4/28
N2 - Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions, finding major pathways contributing to risk, with some loci shared across immune disorders. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10-8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34 + stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.
AB - Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions, finding major pathways contributing to risk, with some loci shared across immune disorders. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10-8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34 + stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=84930408328&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/ng.3245
DO - 10.1038/ng.3245
M3 - Article
C2 - 25751624
AN - SCOPUS:84930408328
SN - 1061-4036
VL - 47
SP - 381
EP - 386
JO - Nature Genetics
JF - Nature Genetics
IS - 4
ER -